Le répertoire de la Maîtrise est composé de musique sacrée, musique profane et musique du monde de divers compositeurs français et étrangers couvrant la période du XVIIème siècle jusqu'à nos jours, incluant des créations récentes.
En novembre 2013, la Maîtrise a donné l'Oratorio de Noël de Camille Saint-Saëns dans la cathédrale de Toulouse, après avoir produit le Messie de Haendel l'année précédente.
Ce répertoire est complété par un riche répertoire liturgique utilisé pour les offices.
Clap yo’ hands (George Gershwin)
Cantique de Jean Racine (Gabriel Fauré)